Kaitstud ja kaitsmisele tulevad doktoritööd

Katrin Idla

MARJU KEISTartu ÜlikoolKaitstud teaduskraad: filosoofiadoktor (PhD), zooloogiaDoktoritöö „Brown bear (Ursus arctos) phylogeography in northern Eurasia” („Pruunkaru (Ursus arctos) fülogeograafia Põhja-Euraasias”)http://dspace.utlib.ee/dspace/bitstream/handle/10062/29042/keis_marju.pdf?sequence=1Juhendaja: PhD Urmas SaarmaOponent: prof Ettore Randi (Bologna Ülikool)Doktoritöös vaadeldakse pruunkaru emaliini fülogeograafiat Mandri-Euraasia põhjaosas (Eestis, Soomes, Venemaal), pöörates erilist tähelepanu Loode-Euraasia populatsioonile. Töötati välja uudsed molekulaarse kella kalibreerimise rakendused pruunkaru klaadide lahknemisaegade arvutamiseks ning uus indiviidipõhine ruumilis-geneetiline meetod migratsioonikoridoride ja -takistuste väljaselgitamiseks Loode-Euraasia karupopulatsioonis. Need uued meetodid on laialdasemalt rakendatavad teistegi liikide ja populatsioonide puhul. Tänapäeval on kõik pruunkarud Põhja-Euraasias suhteliselt lähedalt seotud, seda nii osaliste mtDNA järjestuste kui ka mitokondri täisgenoomide põhjal. Tulemused viitavad, et tõenäoliselt olid pruunkarud viimase jääaja maksimumi ajal esindatud vähemalt kahes refuugiumis, üks asus Kesk-Euroopas Karpaatia mäestikualal ja teine tõenäoliselt Aasias, kuid selle täpsem asukoht on teadmata. Pärast viimase jääaja maksimumi toimus tugev demograafiline ekspansioon ning ükski geograafiline tõke ei olnud enam takistuseks pruunkarude migratsioonile üle Mandri-Euraasia põhjaosa. Antud mustrit on eelnevalt kirjeldatud ka teiste imetajaliikide puhul, seetõttu võiks see esindada Euraasia imetajate fülogeograafias üldlevinud mudelit. Loode-Euraasia pruunkaru populatsiooni detailne analüüs (mitokondri genoomi täisjärjestuste alusel) selgitas välja viis selgesti eristatavat, geograafiliselt piiritletud ja ainult osaliselt kattuvat haplogruppi. Analüüsid näitasid, et need viis haplogruppi moodustusid jääajajärgsel perioodil ning peegeldavad seega kombinatsiooni jääajajärgsest migratsioonimustrist ja hilisemast demograafilisest ajaloost. Et käesolevas töös sekveneeriti 95 mitogenoomi, siis võimaldas see esimest korda analüüsida ka pruunkaru mitogenoomide liigisisest variatsiooni. Positiivne evolutsiooniline valik tuvastati valgugeenile ND6. Tulemused pakuvad olulist alusinformatsiooni pruunkaru efektiivsete majandamis- ja kaitsestrateegiate väljatöötamiseks Euraasias.

JEVGENI ŠABLONIN
Tartu Ülikool
Kaitstud teaduskraad: filosoofiadoktor (PhD)
Doktoritöö „Processes of structural defect creation in pure and doped MgO and NaCl single crystals under condition of low or super high density of electronic excitations” („Struktuuridefektide tekkeprotsessid puhastes ja dopeeritud MgO ja NaCl monokristallides madala ja ülikõrge elektronergastuste tiheduse tingimustes”)
http://dspace.utlib.ee/dspace/bitstream/handle/10062/29119/sablonin_jevgeni.pdf?sequence=1
Juhendajad: PhD Jevgeni Vassiltšenko ja prof Aleksandr Luštšik
Oponent: PhD Anatoli I. Popov (Läti Ülikool)
Paljude teaduse, tehnoloogia ja energeetika valdkondade areng sõltub materjalide (k.a laia keelutsooniga materjalid – LKM) kiirituskindluse parandamisest footonite, elektronide, neutronite ja ioonide kahjuliku mõju vastu. Doktoritöös uuriti kolme konkureeriva protsessi – luminestsentsi, struktuursete defektide tekkimist ja soojuse eraldumist LKM kiiritamisel footonite või osakestega, mis tekitavad erinevat elektroonsete ergastuste (EE) tihedust. Uurimistöö oli teostatud puhastel või erinevate lisanditega dopeeritud magneesiumoksiidi (MgO) ja naatriumkloriidi (NaCl) monokristallidel, millel on sama tahkkeskendatud kuubiline kristallvõre ja lähedased keelutsooni laiused, kuid väga erinevad sulamistemperatuurid (NaCl – 801 °C, MgO – 2947 °C) ja EE struktuur. Väga madalatel temperatuuridel on Frenkeli defektide tekkeenergia NaCl kristallis keelutsooni laiusest suurem, nii et kiiritusdefektid moodustuvad ainult energeetiliste („kuumade”) elektronide rekombineerumisel autolokaliseeritud aukudega. „Luminestsentskaitse” selle protsessi vastu on võimalik kristalli luminestseeruvate ioonide lisamise teel. Niisugused ioonid interakteeruvad kuumade elektronidega ja teisendavad osa nende energiast luminestsentsiks, seega konkureerides defektide tekkimise protsessiga. MgO monokristallid, kus ei eksitonid, ega elektronid või augud ei autolokaliseeru regulaarses võres, on väga kiirituskindlad röntgen- ja gammakiirte vastu. Kiiritamisel tekkinud augud võivad autolokaliseeruda lisandioonide (berüllium, kaltsium, kroom) kõrval, mis suurendab defektide moodustumise efektiivsust selliste aukude ja kuumade elektronide rekombineerumisel. Näidati, et MgO kristalli kiiritamine raskete kulla või uraani ioonidega tekitab ülikõrget EE tihedust ja pika elueaga keerulisi struktuuridefekte. Uuriti lihtsaid anioonseid defekte, bivakantse ja keerulisemaid defektide komplekse, kasutades mitut spektroskoopia meetodit laias energiate ja temperatuuride vahemikus. Erilist tähelepanu osutati kroomiga dopeeritud MgO kristallidele, kuna kroomiioon, sõltuvalt kontsentratsioonist, võib käituda luminestsentskaitsena või suurendada defektide teket.

TAAVI TATSI
Tartu Ülikool
Taotletav teaduskraad: filosoofiadoktor (PhD), meedia ja kommunikatsioon
Doktoritöö „Transformations of Museum-Embedded Cultural Expertise” („Muutused muuseumipõhises kultuuriekspertiisis (Eesti Rahva Muuseumi näitel”))
http://dspace.utlib.ee/dspace/bitstream/handle/10062/29158/tatsi_taavi.pdf?sequence=1
Kaitsmine toimub kolmapäeval, 13. märtsil kl 10 Tartus TÜ senati saalis.
Juhendaja: PhD Pille Pruulmann-Vengerfeldt
Oponent: prof Kim Christian Schrøder (Roskilde Ülikool, Taani)
Doktoritöös analüüsiti muuseumi kui kultuurilise asjatundja rolli muutumist. Inspireerituna eeldusest, et iga muuseumikülastaja võib olla aktiivne osaline kultuurilise tarkuse loomises, on analüüs keskendatud osaluse võimalustele ja piiridele Eesti Rahva Muuseumis (ERM). Peale osalusvaatluse kasutati uurimistööks aktiivselt sekkuvat eksperimentaalset meetodit, mille ülesandeks oli ühtaegu luua ja analüüsida olukordi, kus muuseum pakub külastajatele osalemiseks mitmekesiseid võimalusi. Keskseks eksperimendiks oli „Oma näituse” konkurss, mis võimaldas inimestel, kes muuseumitööga ei tegele, pakkuda välja originaalne näituseidee. Publikuhääletuse võitjad teostasidki muuseumi toel ERMi näitusesaalis oma näitused. Tänu konkursile avanes muuseumitöötajatele uus näituse korraldamise viis ja rikastus kuraatori roll. Teisalt tõstatati aga küsimus kuraatori rolli piiridest: kui igaühest võib saada asjatundja, kas ei alaväärista see teadmisi, mida oleme harjunud pidama professionaalseks? Klassikaline näituse tegemise protsess on hoolikalt valitud professionaalide pärusmaa, mille tulemusena valmib kindla sõnumiga näitus. Kuigi erudeeritud muuseumikuraatori kadumine pole olnud eesmärgiks omaette, eeldab kodanikuühiskond ka muid, võrdsematel alustel sisuloomise võimalusi. Koostööd ja mitmehäälsust edendav rahvamuuseum püüab luua tingimused, et erinevad inimrühmad ja vaated oleksid demokraatlikult esindatud. Muuseumi asjatundlikkus täieneb seeläbi oskusega „dirigeerida” mitmehäälsust ja koostöövõrgustikke. Eesti Rahva Muuseum võiks XXI sajandil olla ühtaegu justkui rahvast kokkutoov laulupidu ja igaühe arvamust sisaldav sotsiaalvõrgustik.

SERGEI PÕLME
Tartu Ülikool
Taotletav teaduskraad: filosoofiadoktor (PhD), botaanika
Doktoritöö „Biogeography and ecology of Alnus-associated ectomycorrhizal fungi – from regional to global scale” („Lepa juurtel ektomükoriisat moodustavate seente biogeograafia ja ökoloogia”)
http://dspace.utlib.ee/dspace/bitstream/handle/10062/29188/p6lme_sergei.pdf?sequence=1
Kaitsmine toimub reedel, 15. märtsil kl 10.15 Tartus Ravila 14a ruumis 1019.
Juhendajad: prof Urmas Kõljalg ja PhD Leho Tedersoo
Oponent: PhD Rasmus Kjøller (Kopenhaageni Ülikool, Taani)
Doktoritöös uuriti lepaga koos kasvavate ektomükoriissete seente biogeograafiat ja ökoloogiat. Oma laialdase leviku ja spetsiifilise seenestiku tõttu sobivad lepp ja tema juuresümbiondid heaks mudeliks uurimaks mitmesuguseid ökoloogilisi seaduspärasusi, mis puudutavad ektomükoriiseid seeni ja neid mõjutavaid tegureid nii regionaalses kui ka globaalses skaalas. Testiti järgnevaid põhilisi hüpoteese: 1) globaalses skaalas mõjutavad lepa seenekoosluse struktuuri enim peremeesliikide fülogeneetilised distantsid; 2) regionaalses skaalas mõjutab lepa juurtel ektomükoriisat moodustavate seente koosluse struktuuri mulla koostis, eriti pH ja fosfor; 3) globaalses skaalas on lepaga seotud ektomükoriisa seente liigiline mitmekesisus määratud aasta keskmise temperatuuri ja sademete hulga poolt; 4) lepaga seotud ektomükoriisa seente biogeograafia peegeldab peremehe globaalseid levikuteid.
Selgus, et globaalses skaalas mõjutavad peremeesliikide fülogeneetilised distantsid 43% ulatuses lepaga seotud ektomükoriissete seente koosluse struktuuri. Ruumiline paiknevus mõjutab seenekoosluse struktuuri 10% ulatuses ning mulla pH-l ja aasta keskmisel temperatuuril on marginaalne mõju. Seevastu regionaalses skaalas, määravad mulla pH ja orgaanilise aine sisaldus, enim seenekoosluse struktuuri. Varasemad uuringud on leidnud, et peamised mõjutegurid, mis määravad ektomükoriissete seente liigirikkust globaalses skaalas, on aasta keskmine temperatuur ja sademete hulk. Uuringust selgus üllatuslikult, et lepaga seotud ektomükoriissete seente liigirikkus on enim mõjutatud ja positiivses seoses mulla kaltsiumisisaldusega. Samas leidis kinnitust negatiivne seos ektomükoriisa liigirikkuse ja sademete hulga vahel. Globaalse mustri sarnaselt oli ka regionaalses skaalas liigirikkus negatiivses seoses mulla veesisaldusega. Võrreldes lepaga seotud seenekoosluste liigilist ja arvulist koosseisu mandrite ja piirkondade vahel, selgus, et tõenäoliselt on Beringia maismaasild olnud põhiline lepa levikutee Euraasia ja Ameerika vahel. Põhja- ja Lõuna-Euroopa seenekooslused osutusid väga sarnaseks, mis tõenäoliselt tuleneb jääajajärgsest lepa ja tema juursümbiontide levikust põhja poole.

MARDO KÕIVOMÄGI
Tartu Ülikool
Taotletav teaduskraad: filosoofiadoktor (PhD)
Doktoritöö „Studies on the substrate specificity and multisite phosphorylation mechanisms of cyclin-dependent kinase Cdk1 in Saccharomyces cerevisiae”
 („Uurimustöö Saccharomyces cerevisiae tsükliinist sõltuva kinaasi Cdk1 substraadispetsiifilisusest ja multifosforüleerimise mehhanismist”)
http://dspace.utlib.ee/dspace/bitstream/handle/10062/29199/k6ivomägi_mardo.pdf?sequence=1
Kaitsmine toimub reedel, 15. märtsil kl 15 Tartus Nooruse 1 ruumis 121.
Juhendaja: PhD Mart Loog
Oponent: PhD Jan M. Skotheim (Stanfordi Ülikool, USA)
Raku jagunemistsükkel ehk rakutsükkel on protsess, mille käigus rakk kahekordistab oma sisu ja seejärel jaguneb kaheks. Rakutsükli saab jagada neljaks etapiks: G1-, S-, G2- ja M-faasiks. DNA replikatsioon ja kromosoomide segregatsioon ning järgnev tsütoplasma jagunemine toimuvad vastavalt S- ja M-faasis. S- ja M-faas on teineteisest eraldatud vaheetappide ehk G1- ja G2-faasiga. Rakutsükli faaside vaheldumine on reguleeritud kontrollsüsteemi poolt, mille peamisteks komponentideks on tsükliinist sõltuvad kinaasid (cyclin-dependent kinase; CDK). CDK valkude aktiivsuse ostsillatsioon sõltub regulatoorsete subühikute ehk tsükliinide olemasolust rakutsükli eri etappides. Tsükliinid võib jaotada kolme klassi: G1-tsükliinid, mis on seotud CDKdega G1-faasis, S-faasi tsükliinid, mis kontrollivad DNA replikatsiooni, ja mitootilised ehk B-tüüpi tsükliinid, mis aktiveerivad CDKd rakutsükli G2- ja M-faasis. CDKde ensümaatilist aktiivsust reguleeritakse nelja mehhanismi abil: tsükliini seondumine, aktiveeriv või inhibeeriv fosforüleerimine ja seondumine inhibiitorvalkudega. Aktiivsed tsükliin-Cdk-kompleksid toimivad lülititena, lisades teistele valkudele fosfaatrühmi ning muutes seeläbi nende omadusi. Enamik substraatvalke sisaldab mitmeid CDK poolt äratuntavaid fosforüleerimise konsensusjärjestusi S/T-P-x-K/R (kus x võib olla ükskõik milline aminohape), milles aminohapped seriin (S) või treoniin (T) käituvad fosfaadi aktseptorina. Lisaks kuulub tsükliin-Cdk-kompleksi veel CDK adaptorvalk Cks, moodustades kolmikkompleksi tsükliin-Cdk-Cks. Cks võib seonduda juba fosforüleeritud valkudega, aidates kaasa substraatide multifosforüleerimisele. Üldiselt määravad tsükliin-Cdk-Cks komplekside substraadi spetsiifilisust kolm äratundmismotiivi: 1) tsükliinil asuv hüdrofoobne tasku, mis interakteerub substraatidel oleva seondumismotiiviga, 2) CDK aktiivsait, mis seondub sihtmärkvalgu konsensusjärjestusega ja 3) Cks-e katioonne tasku, mis seondub juba fosforüleeritud sihtmärkvalkude fosfaatrühma ja ümbritseva konsensusjärjestusega. Üheks mudelorganismiks, kus rakutsükli toimimismehhanisme uurida, on pagaripärm Saccharomyces cerevisiae. Erinevalt imetajatest leidub S. cerevisiae’s ainult üks tsükliinist sõltuv kinaas, Cdk1, mis interakteerub rakutsükli eri etappidel üheksa tükliiniga (Cln1-3 ja Clb1-6) ning adaptorvalgu Cks1ga. Tsükliinid Cln1-3 on aktiivsed G1 faasis ja G1/S faasi üleminekul. Clb5 ja 6 vastutavad korrektse S-faasi sisenemise ja läbimise eest. Clb3 ja Clb4 osalevad G2/M üleminekul. Clb1 ja Clb2 aga kontrollivad mitootiliste rakkude saatust. Uuriti, kuidas muutub tsükliin-Cdk1 komplekside aktiivsus S. cerevisiae rakutsükli käigus. Kuna enamik CDK sihtmärkvalkudest sisaldab mitut fosforüleerimisjärjestust, siis keskenduti multifosforüleerimise mehhanismi detailsele uurimisele CDK inhibiitorvalgu Sic1-e näitel. B-tüüpi tsükliinide Clb-Cdk1 komplekside inhibiitori Sic1-e tase hakkab tõusma mitoosi lõpus ja valk püsib aktiivsena hilise G1 faasini, kus toimub Sic1-e fosforüleerimisest sõltuv lagundamine. Spetsiifilistest lagundamisjärjestustest ehk degronitest fosforüleeritud Sic1 ära tundmine toimub läbi Cdc4, mis on ubikuitiini ligaasi SCF-i (Skp1/Cdc53/F-box) spetsiifilisusfaktor. Ubikuitineeritud Sic1-e lagundamine toimub üle proteasoomi raja. Uuriti erinevate tsükliin-Cdk1 komplekside poolt läbiviidavat Sic1 fosforüleerimist ja ka parameetreid, mis mõjutavad Cdk1 poolt läbiviidavat substraatvalkude multifosforüleerimist.

Kui sulle meeldis see postitus jaga seda oma sõpradega

[LoginRadius_Share]
 

Leia veel huvitavat lugemist

Värske Rõhk
Hea laps
LR
Keel ja kirjandus
Akadeemia
Kunstel
Muusika
Õpetajate leht
Täheke
TeaterMuusikaKino
Vikerkaar
Looming